由于肠毒综合症虽然可引起生长速度下降、料肉比增高，但引起的死亡率并不是特别大，所以往往被人们所忽视，有的养殖户由于对本病的认识不足，在治疗时往往走入误区。
误区一：用多种维生素
多种维生素可以补充营养、增强机体抵抗力，但是鸡患肠毒综合症时要禁止使用，不但如此，大肠杆菌、 沙门氏菌及其它致病菌引起的消化道也不能用。因为发生肠毒综合症时，肠道功能已经紊乱，会造成营养吸收障碍，有害的物质却没少吸收。同时饲料在消化道内和脱落的肠黏膜混合在一起，导致细菌大量繁殖，此时如果增加多种维生素，一则吸收不了，二则增加了肠内容物的营养反而利于有害菌繁殖，对治疗有百害而无一利。
误区二：发病早期用猛药
在肠毒综合症发现的早期，人们往往像对待其它传染病一样，抓紧时间下猛药治疗，但结果往往是用药后死亡率立刻显现，并且治疗两个疗程以上才有所减轻，为什么？原因很简单，革兰氏阴性菌在肠道大量繁殖，可导致肠道消化功能紊乱，使球虫繁殖释放大量有害物质，再加上使用大剂量抗生素治疗后，革兰氏阴性菌死亡解体释放的超剂量内毒素，可引起机体调节系统紊乱甚至休克死亡。
误区三：强制止泻
很多鸡病都能引起腹泻，肠毒综合症更是如此，发生肠毒综合症后病鸡通常排黄色、暗红色、褐色糖稀样的粪便，很多兽医工作者的第一反应通常是立即用药止泻，仿佛止泻成功与否决定了治疗的成败，但是肠毒综合症死亡率高的原因不在于腹泻，而是自体中毒，因此如果强制止泻反而加剧了自体中毒，死亡率会不降反升，或者是投药数天后效果不佳。所以，发生肠毒综合症应该是引导排毒，而不是一味止泻。
误区四：拌料给药
肠毒综合症会导致肉鸡不断勾料(把料筒的料勾到地上)，再加鸡只发病后采食量会出现不同程度的下降，如果此时拌料给药，就会导致饲料被大多数健康鸡和症状轻微的鸡吃了，病鸡没食欲，或者吃的很少，达不到治疗效果，不能产生应有的疗效。
治疗肠毒综合症第一要务是治疗球虫，用磺胺药才是正确的选择。可首先在饮水、饲料中使用磺胺类药物、球痢停，球虫药用到第3天时使用抗生素，氨基糖苷类和喹诺酮类联合使用效果不错；对细菌、 病毒混合感染的情况，在使用大环内酯类药物的同时要加入抗病毒药物，同时添加黄芪多糖粉。