蛋鸡产畸形蛋的原因有很多，营养因素、应激因素、疾病因素等等。
营养因素，如果钙、磷和维生素D不足，则会导致蛋壳形成显著减少。铜缺乏会导致蛋壳膜缺损，影响随后在这些蛋壳膜上的钙化作用，导致皱皮蛋和畸形蛋的产生，过量的镁影响钙的正常代谢，导致蛋壳变薄和骨骼软化。畸形蛋给种鸡生产造成极大的损失，找到畸形蛋形成的原因，在生产中注重预防疾病，减少各种应激，也可喂全价饲料。可以控制畸形蛋的产生。
应激因素，高密度应激、热应激、噪音、强光惊吓等应激可导致母鸡繁殖同期变化，正常的繁殖同期是每26小时产一枚蛋，应急造成繁殖同期案乱。应激促进鸡体内释放皮质类固醇激素，这种激素从鸡蛋生产中转出部分营养物质，改变激素平衡，减少采食量，促进肌肉和骨骼分解。经常处于应激状态下的鸡群，免疫力低、体轻，产蛋率低下。许多常见的蛋壳表面的缺陷就是当鸡蛋经过蛋壳腺时受到强烈应激（如：惊吓）的结果。“钙斑”“花壳”和“白垩状蛋壳就是由于最后一刻钙盐沉积过多造成的。这多余的钙化作用是壳上膜形成之后释放的磷酸盐沉积而成。因为应激的蛋鸡群容易生产薄壳蛋，这是由于气喘（呼吸过度）导致酸碱平衡紊乱造成的，因为鸡的喘气，导致肺内二氧化碳损失过多，血中二氧化碳减少可导致血液PH更偏碱性，从而减少血液中游离钙的数量，那么蛋壳腺就没有足够的钙用来沉积蛋壳。这种情况，即使增加日粮中的钙含量也无法解决问题。
疾病因素，鸡群感染了传染性支气管炎、鸡新城疫、减蛋下降综合症等疾病可引起输卵管内表面细胞结构损害，这些细胞的损害就导致了水状蛋白的产生和蛋壳出现问题。鸡新城疫。鸡传染性支气管炎病毒，起初感染呼吸系统，在感染呼吸系统之后，一或两天进入血液并随血流到达卵巢和输卵管，病毒达卵巢，会使卵子软化、变形、血斑，缀入腹腔，引起缀卵性腹膜炎，病毒达输卵管膨大部，使表面细胞结构受到损害，蛋白的分泌受到影响，蛋清变稀，正常的蛋白“膨大部”消失了，导致蛋清变瘪，在输卵管狭部内产生的覆盖在蛋清上的蛋壳膜也变得皱缩，而且覆盖在蛋壳膜外层的蛋壳也出现皱缩，这样就形成了皱壳蛋。病毒达输卵管峡部，使峡部细胞构造发生改变。如峡部过粗，则蛋形圆，峡部过细，则蛋形长，输卵管收缩反常时，就会生两端尖形的，扁形的蛋。病毒达输卵管子宫导致蛋壳腺内细胞损伤。仅褐壳鸡蛋蛋壳颜色消失，产薄壳蛋，软壳蛋，一端粗壳蛋，这是因为蛋壳腺的作用是负责将矿物盐输送到蛋壳膜并合成蛋壳色素。
总之，鸡新城疫，传染性支气管炎，减蛋下降综合症等疾病可引起产蛋下降，发生卵巢衰退，输卵管的重量和长度减少，卵黄缀入腹腔，蛋重降低，蛋白的质量下降（水状）。形成各种各样的畸形蛋。