目前许多养鸡户反映免疫效果不尽如人意，造成很大损失。出现这些情况不仅仅是因超强毒株存在、疫苗质量差，还与他们接种疫苗时存在的一些问题有关。
稀释疫苗时加入抗菌药物
部分养鸡户在使用病毒性疫苗对鸡进行滴鼻，点眼，注射，接种免疫时，习惯在稀释疫苗的同时加入抗菌药物，认为抗菌药对病毒没有伤害，还能起到抗菌、抗感染的作用。须知，由于抗菌药物的加入，使稀释液的酸碱度发生变化，引起疫苗病毒失活，效力下降，从而导致免疫失败。因此，不应在稀释疫苗时加入抗菌药物。
接种途径选择不当
免疫接种的途径取决于相应疾病病原体的性质及入侵途径。全嗜性的可用多渠道接种；嗜呼吸道的用滴鼻的方法接种，若随便改变接种途径就会影响免疫效果。如鸡痘疫苗翼膜接种效果较好，因为鸡痘病毒对皮肤和黏膜上皮细胞具有特殊的亲和力，可有些养鸡户常常采用肌注的方法接种，这样免疫效果不佳。
盲目地联合应用疫苗
多种疫苗同时使用或在相近的时间接种时，应注意疫苗间的相互干扰。因为多种疫苗进入鸡体后，其中的一种或几种抗原所产生的免疫成分，可被另一种抗原性最强的成分产生的免疫反应所遮盖；疫苗病毒进入鸡体内后，在复制过程中会产生相互干扰作用。如同时接种鸡痘疫苗和新城疫疫苗，两者间会相互干扰，导致免疫失败。再如传染性支气管炎病毒对新城疫病毒有干扰作用，若这两种疫苗接种时间安排不合理，会使新城疫疫苗的免疫效果受到影响。
忽视应激及免疫抑制因素的影响
接种疫苗虽然是防疫措施中的一个不可缺少的环节，但无论采取哪种途径进行接种，对鸡都是一种应激因素。若在接种疫苗的同时或在相近的时间内进行断喙，转群，换料等操作，则会加重鸡的应激反应，致使免疫失败。为了降低接种疫苗时鸡的应激反应，可在接种疫苗的前一天使用维生素C、维生素K、多种维生素或免疫增强剂等药品拌料或饮水投服。接种疫苗后，要加强饲养管理，以免因鸡舍温度过高或过低，鸡群拥挤，通风不良等不利因素抑制鸡体的体液免疫和细胞免疫，导致疫苗的保护力下降。
免疫接种工作失误或不认真
滴鼻，点眼时疫苗尚未滴入眼内或鼻内就将鸡放下，造成没有足够的疫苗进入眼内或鼻内；捉鸡时行为粗暴，鸡应激严重；漏防的鸡过多；注射免疫时，针头消毒不严、不更换，污染了细菌或病毒；饮水免疫时，疫苗的浓度配制不当，疫苗的稀释和分布不匀，用水量过多鸡一时喝不完，或用水量过少使有些鸡尚未饮到等，所有这些都会严重影响免疫效果。